En el año 2019 el grupo musical Bombai realizó la canción de celebración del Centenario, titulado «Eterno Junto a Ti» el cual sonó durante todo ese año, en la final de copa y en la celebración de la misma tras ganarla. Sin embargo, en las últimas cuatro fechas sufrió cuatro derrotas consecutivas ante Venezuela (4-1), Chile (2-3), Colombia (3-0) y Brasil (0-4), certificando su eliminación por séptima vez consecutiva, lo que provocó que César Farías dejara de ser el entrenador al final de esta Eliminatoria. El entrenador elegido por Roig para dirigir al equipo el resto de la temporada fue un técnico muy distinto: Jorge Valdano, que dirigió su primer partido en la 15.ª jornada. A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones. La reacción de Roig para devolver la ilusión a la gente fue contratar a una estrella mundialmente reconocida: Romario (30 años)Siendo el jugador mejor pagado del mundo con salario de US$3,6 millones de dólares por temporada, fichaje que no gustó al técnico Luis Aragonés que llegó incluso a presentar su dimisión en verano pero no fue aceptada por Roig.
Aunque el club se fundó a comienzos de los años 90, no fue hasta la temporada 2009/10 cuando se adhirió al Burgos Club de Fútbol, incorporando el nombre del club al patrocinador. El ente rector del fútbol a nivel internacional es la Fédération Internationale de Football Association, más conocida por su acrónimo FIFA, con sede en Zúrich, Suiza. Campo de El Retiro o de Vallecas, campo donde curiosamente disputaba sus encuentros el New Football Club -otrora Sky Foot-Ball-, semilla del Madrid Foot-Ball Club. El día 2 de diciembre fue clave al presentar su dimisión el presidente Paco Roig ante la presión de los aficionados, camisetas equipos futbol renunciando incluso a quedarse como miembro del consejo de administración. El 7 de diciembre de 1997 la cabeza de Ranieri pendía de un hilo. En el mercado de invierno se traspasó definitivamente a Romario, Marcelinho Carioca y Saïb al no encajar con el fútbol de Ranieri. Futbolistas veteranos cono Carboni, Djukic o Angloma fueron criticados a su llegada por su edad, pero con su entrega y profesionalidad pronto la afición vería el mucho fútbol que aún quedaba en sus botas. Muchas ediciones se volvieron clásicos, como el FIFA Series, el Pro Evolution Soccer/Winning Eleven y el PC Fútbol.
Durante el transcurso de las jugadas de un equipo (serie ofensiva) se escucharán términos como segundo y cinco, tercero y ocho, cuarto y dos, etc. Entre las novedades estuvieron el delantero brasileño Viola, Patxi Ferreira, Sietes, Eskurza, Iñaki y José Ignacio. Finalmente el descarte fue el brasileño Leandro. Un mazazo para Alexia, que en su discurso en la gala del Balón de Oro del pasado año, nos emocionó a todos recordando la figura de su padre: «Espero que estés orgullosa de tu hija». “No sé lo que represento. Decisión acertada a posteriori, ya que a continuación llegaron tres victorias consecutivas para terminar el año. El equipo estaba al borde de los puestos de descenso, perdía 1-0 en Anoeta y la decisión del cambio de técnico ya estaba tomada, hasta que un gol de Mendieta en el minuto 79 puso el 1-1 definitivo en el marcador y alargó la paciencia con el técnico. Rocha vio su segunda cara en el Torneo Clausura, ya que no pudo repetir la gran campaña del Apertura y finalizó en la posición número 15.° de 17 participantes, con solo 12 puntos. Los albicelestes debieron enfrentar en la primera llave a dos partidos (semifinal) al Defensor Sporting Club, llegando con desventaja deportiva por la mejor ubicación de los de Punta Carretas en la tabla (misma cantidad de puntos pero saldo de goles a favor de los violetas); el resultado global fue de 2:2 (Defensor ganó el primer partido 1:2 y Cerro ganó el segundo 0:1), pero por la mencionada ventaja deportiva fue Defensor quien avanzó a la fase final, teniendo Cerro que volver a jugar una nueva temporada en la segunda división.